Francesco Maria Farnese (Parma, 15 agosto 1619 – Parma, 12 luglio 1647) è stato un cardinale italiano.
Era figlio di Ranuccio I Farnese, duca di Parma e Piacenza, e di Margherita Aldobrandini, nipote di papa Clemente VIII.
Nella sua famiglia erano diversi i Farnese divenuti cardinale, tra cui Alessandro divenuto poi papa Paolo III.
Figlio cadetto, venne avviato alla vita ecclesiastica ottenendo il titolo cardinalizio il 14 novembre 1644 da papa Innocenzo X. Non venne però mai a Roma per ricevere il cappello e il diaconato.
Suo fratello maggiore Odoardo I Farnese invece ereditò il titolo di duca alla morte del padre nel 1622 e sposò a Roma nel 1600 Margherita de' Medici. Le sue sorelle Vittoria e Maria divennero duchesse di Modena e Reggio attraverso il matrimonio con Francesco I d'Este.
Alla morte di suo fratello Odoardo nel 1646, Francesco fu nominato reggente, insieme alla cognata Maria, del nipote Ranuccio II Farnese, nuovo duca di Modena e Reggio.
La reggenza durò due anni fino al compimento dei diciott'anni di Ranuccio.
Francesco Maria morì dopo sei mesi di malattia a Parma nel 1647.
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