Gianfrancesco II Gonzaga (San Martino dall'Argine, 1646 – Verona, 24 aprile 1703) è stato un nobile italiano.
Alla morte del padre, avvenuta nel 1670, divenne principe di Bozzolo e di Sabbioneta signore di San Martino il fratello Ferdinando II Filippo Gonzaga che, morendo prematuramente nel 1672, lasciò come erede Gianfrancesco. Questi, nel 1673, ottenne l'investitura imperiale dei feudi di Bozzolo e Sabbioneta, ma non il possesso di questa, che reclamerà inutilmente a Nicola María de Guzmán Carafa, erede designato.
A seguito dell'occupazione francese del territorio nel 1701, Gianfrancesco si ritirò prima nel Castello di San Martino e quindi dovette riparare a Parma. Nel 1702, durante la Guerra di successione spagnola si mise al servizio di Eugenio di Savoia con l'intento di riappropriarsi di Bozzolo, ma senza riuscirvi.
Morì a Verona nel 1703 senza eredi e con lui si estinse il ramo diretto dei signori di San Martino. Il 28 luglio dello stesso anno il principato di Bozzolo venne aggregato al Ducato di Mantova.
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